Le man­da­ri­nier est auto-incom­pa­tible. C’est-à-dire qu’il est inca­pable de for­mer des graines lorsque son propre pol­len est dépo­sé sur les stig­mates de ses fleurs.

Cela veut dire qu’un man­da­ri­nier ne peut pas fécon­der un autre man­da­ri­nier conte­nant les mêmes allèles. C’est pour cela qu’une seule varié­té est culti­vée dans la tota­li­té du ver­ger et qu’il ne faut pas qu’il y ait d’autres agrumes à proxi­mi­té. Ain­si, le man­da­ri­nier pro­duit des fruits sans pépin. En revanche, s’il est culti­vé à côté d’autres agrumes fer­tiles comme le clé­men­ti­nier ou le citron­nier, il aura alors des fruits avec pépins.